Найважливіший інструмент державної дії на аграрні відносини – ПОДАТКОВА СИСТЕМА.  Податки при оптимальних формах і розмірах (ставках) більш дієві і в меншій мірі стимулюють інфляцію, ніж інші фінансові важелі держави. Податкова дія на сільськогосподарське виробництво виступає одним з найважливіших методів непрямого регулювання цін на макрорівні.  Це дає підставу вважати, що регулювання системи оподаткування повинно бути основною функцією держави в регулюванні аграрної економіки.

Основним способом податкової дії на сільськогосподарських суб'єктів є впровадження пільгового оподаткування. ( Наприклад , зменшення податку на прибуток підприємств на розмір плати за землю сільгоспризначення ( для загальної системи оподаткування); плата за землю, зайняту під молодими садами , не стягується до періоду плодоносіння; 0% ставка ПДВ для сільськогосподарських товаровиробників ). Податкові пільги в аграрній економіці мають широкий спектр впливу. Так, податкові пільги регулюють об'єми капіталовкладень, прискорення практичної реалізації технологічних новацій, соціальну забезпеченість сільського населення. Це особливо важливо, оскільки перераховані напрями вимагають крупних додаткових капітальних вкладень з великими термінами окупності. В практиці господарювання доцільно поєднувати різні підходи для встановлення податкових пільг товаровиробникам, що знижують собівартість і ціни на продукти харчування, розвиваючим соціальну і виробничу інфраструктуру, розширювати дію податкових інструментів на інвестиційну діяльність. Зниження бази оподаткування на величину засобів, що вкладаються в модернізацію виробництва, поліпшення земель, може стати серйозним стимулом збільшення інвестицій.

У ряді країн з розвиненою ринковою економікою (наприклад, в США) дані підходи реалізуються через надання прав фермерським господарствам інвестувати в пріоритетні напрями виробничого розвитку до 25% прибутків без сплати податку на вкладений капітал. В країнах ЄС використовується практика компенсації з національних бюджетів частини податкових платежів на приріст інвестицій в державні аграрні програми. Крім того, діє практика прискореної амортизації, коли до 50% вартості набутої техніки може бути списано на витрати в рік покупки і в два подальших роки, що зменшує суму прибутку, а отже, і величину податку. Така податкова політика дає можливість сільськогосподарським виробникам залежно від конкретних умов і видів діяльності формувати базу оподаткування залежно від перекладу інвестицій в поточні витрати,  тимчасового перерозподілу витрат і прибутків.

Податковим кодексом України для підтримки аграріїв передбачено спеціальний податковий режими: Фіксований сільськогосподарський податок .   Платником ФСП є сільгосп­підприємство, що має с/г угіддя і за минулий рік питома вага доходу від продажу сільгосппродукції  власного виробництва та продуктів її пе­реробки становить 75% чи більше в загальному доході.

Платежі, від яких звільнені платники ФСП

1. Податок на прибуток підприємств
2. Земельний податок (за землі сільгосппризначення )
3. Збір за спеціальне використання води.
4. Збір за провадження деяких видів підпри­ємницької діяльності .

Усі інші платежі сплачують на за­гальних підставах.

Перевагою ФСП  є те, що він дозволяє власникам сільськогосподарських підприємств та потенційним інвесторам спланувати грошові потоки від вкладення коштів у сільське господарство.

Запровадження ФСП в Україні, без сумніву, мало низку таких позитивних моментів:

– скорочення  податкового навантаження, так як спрощена система оподаткування дає можливість сплачувати ФСП  частинами, що є максимально важливим в умовах сезонного виробництва

– спрощення механізму нарахування та сплати податків

– спрощення порядку  ведення податкового обліку, підвищення його прозорості

– стабілізація бази оподаткування;

– оптимізація строків сплати податків;

– створення умов оподаткування, за яких відсутня мотивація до приховування результатів господарювання

–  як наслідок -  зріс рівень сплати цього податку  

Отже, запровадження ФСП   дозволило  знизити податкове навантаження для підприємств аграрного сектору, стимулювати раціональне використання землі.  Але слід зауважити, що спрощена система оподаткування    надасть суттєвого виграшу тільки прибутковим підприємствам. Для збиткових або нестабільно працюючих виробників доцільнішою може виявитися загальна система оподаткування з правом перенесення від’ємного значення об’єкта оподаткування підприємства на наступні податкові періоди.   При цьому повинна обов’язково забезпечуватися вимога максимального врахування фінансових результатів і фінансового стану сільськогосподарських підприємств. За таких умов податкова система галузі забезпечуватиме не тільки надходження коштів до бюджету, а й стимулюватиме розвиток сільськогосподарського виробництва.

Динаміка змін податкового законодавства вимагає постійної уваги . Водночас, є недостатньо матеріалів методичного характеру, а консультації аудиторських компаній для сільськогосподарських підприємств – важкодоступні та вимагають значних затрат коштів.

Необхідно усвідомлювати, що якою б досконалою не була система оподаткування, за невирішених проблем диспаритету цін на продукцію сільського господарства і промисловості, недосконалого фінансово-кредитного механізму, неврегульованих земельних правовідносин вона не зможе стати дійсно ефективною і забезпечити гармонійне поєднання інтересів держави і товаровиробників.